Die höchste Autorität der Stiftung wird von Krakau’s Metropolit Erzbischof, dem Hochwürdigen Kardinal Stanislaw Dziwisz gelenkt. Der Vorsitzende des Verwaltungs-rates ist der Hochwürdige Kardinal Stanislaw Rylko.

Das Verwaltungssekretariat der Stiftung wird von Pater Krzysztof Wieliczko,osppe geleitet. Das Sekretariat unterstützt sowohl die Tätigkeiten des Zentrums für Dokumentation und Forschung des Pontifikats von Johannes Paul II als auch andere Institutionen der Stiftung wie z.B. das Johannes Paul II polnische Heim in Rom und das Johannes Paul II Stiftungs-heim in Lublin.

Das Zentrum für Dokumentation und Forschung des Pontifikats von Johannes Paul II ist untergeteilt in die Dokumentationsabteilung geführt von Pater Antoni Pyznar und die Forschungsabteilung geführt von Pater Andrzej Dobrzynski.

Das Verwaltungssekretariat vergegenwärtigt die Stiftung wo immer es möglich ist und fördert die Ziele der Stiftung. Es editiert auch das vierteljährliche Nachrichtenblatt welches seine Leser über das Werk und die Tätigkeiten der Stiftung informiert.

Die grosszügigen Beiträge der vielen Wohltäter aus Polen und aus der ganzen Welt ermöglichen das Werk der Stiftung. Viele der Wohltäter sind Mitglieder in den Kapiteln und Gesellschaften der “Freunde der Stiftung”. Es gibt 44 Gruppen von Freunden der Stiftung in 16 Ländern auf vier Kontinenten.