La autoridad suprema de la Fundación es gobernada por el Reverendísimo Cardenal Stanislaw Dziwisz, el Arzobispo Metropolitano de Cracovia. El Presidente del Consejo Administrativo es el Reverendísimo Cardenal Stanislaw Rylko.

El Secretariado Administrativo de la Fundación es encabezado por el Padre Krzysztof Wieliczko. El Secretariado provee ayuda financiera para las actividades del Centro de Documentación e Investigación del Pontificado de Juan Pablo II, como asimismo a las otras instituciones de la Fundación, como la Casa Juan Pablo II en Roma y la Casa de la Fundación Juan Pablo II en Lublin.

El Secretariado Administrativo hace presente a la Fundación en todos los lugares a donde sea posible, promoviendo a sus actividades. También edita el Boletín trimestral, el que informa a sus lectores acerca del trabajo y de las actividades de la Fundación.

Las contribuciones generosas de muchos benefactores de Polonia y de todo el mundo hacen que el trabajo de la Fundación sea posible. Muchos de estos benefactores son miembros en las Ramas (Sucursales) y Sociedades de los “Amigos de la Fundación.” En este momento existen 44 grupos de Amigos de la Fundación en 16 países de cuatro continentes.

El Centro de Documentación e Investigación del Pontificado de Juan Pablo II está subdividido en la División de Documentación, encabezada por el Padre Antoni Pyznar, y la División de Investigación, dirigida por el Padre Andrzej Dobrzynski.