Władzę zwierzchnią nad Fundacją sprawuje Arcybiskup Metropolita Krakowski, ks. kard. Stanisław Dziwisz. Przewodniczącym Rady Administracyjnej jest ks. kard. Stanisław Ryłko.

Sekretariatem Administracyjnym Fundacji kieruje o. dr Krzysztof Wieliczko OSPPE. Sekretariat wspiera działanie Ośrodka Dokumentacji i Studium Pontyfikatu Jana Pawła II, jak również pozostałych instytucji Fundacji: Domu Fundacji w Rzymie (dyr. ks. prał. Mieczysław Niepsuj) i Domu Fundacji Jana Pawła II w Lublinie (dyr. ks. Ryszard Krupa SCJ).

Ośrodek Dokumentacji i Studium Pontyfikatu Jana Pawła II podzielony jest na sekcję dokumentacji i na sekcję studium. Sekcją dokumentacji kieruje ks. lic. Antoni Pyznar, zaś sekcją studium ks. dr Andrzej Dobrzyński.

Sekretariat administracyjny Fundacji promuje obecność Fundacji w różnych środowiskach i przedstawia jej cele. Służy temu również Biuletyn, który informuje o pracy i zamierzeniach Fundacji.

Funkcjonowanie Fundacji jest możliwe dzięki hojności dobroczyńców z Polski i całego świata. Wielu z nich jest członkami Kół i Towarzystw Przyjaciół Fundacji. Aktualnie 44 Koła i Towarzystwa istnieją w 16 krajach na czterech kontynentach.