Верховное управление Фондом осуществляет митрополит Краковский архиепископ и кардинал Станислав Дивиш. Руководителем Администрационного Совета является кардинал Станислав Рылко.

Секретариатом Фонда руководит о. д-р Кшиштоф Величко OSPPE. Секретариат поддерживает как деятельность «Центра документации и изучения понтификата Иоанна Павла II», так и других институтов Фонда: «Дом Фонда в Риме» ( директор – о. прелат Мечислав Непсуй) и «Дом Фонда в Люблине» (директор о. Рышард Крупа SCJ).

«Центр Документации и изучения понтификата Иоанна Павла II» состоит из секции документации и секции изучения (руководитель – о. д-р Анджей Добжиньски).

Секретариат Фонда занимается популяризацией Фонда в разных сообществах, издавая бюллетень, содержащий информацию о деятельности и планах Фонда.

Деятельность Фонда возможна благодаря щедрости благотворителей из Польши и со всего мира. Многие из них являются членами «Круга друзей» и Товариществ Друзей Фонда. В настоящее время 44 «Круга друзей» и Товариществ существует в 16 странах на 4 континентах.